קשר ברור קיים בין הטקסט שלעיל לבין הטקסט של שיר אחר, אשר נכתב גם הוא על ידי הרב קוק, ונקרא אף הוא "שיר האמונה" . קטעים רבים בטקסט זהים או "מתכתבים" זה עם זה. סביר להניח כי הנוסח שלעיל מאוחר יותר וחובר בארץ ישראל, בעוד שהנוסח האחר נכתב בחו"ל. ראו למשל: "לשוב לארץ קודשנו" לעומת "לנחול שוב נחלתנו"; "שמה נעבוד אלוהינו" לעומת "פה נעבוד צורנו". ייתכן כי את הנוסח הראשון כתב הרב קוק בשנים שבהן שהה בלונדון בזמן מלחמת העולם הראשונה.

הנוסח שלעיל מוזכר בהספד לרב א.י. קוק [1935] שנשא הרב יהושע קניאל.

לא ברור מתי חובר הלחן של מיכאל דוד הלוי. כתב היד של השיר נמצא בספרייה הלאומית ללא תאריך, והכותרת הרשומה שם: "האמונה (הרב קוק זצ"ל), הימנון". הלחן נדפס לראשונה (ככל הידוע לנו) בספר "ישראל בשיר" (עורך: רפאל אדלר), ניו יורק, 1954 [מילים ותווים].

על פי עדות שהגיעה אלינו, השיר היה המנון בית הספר "מוריה" בתל אביב, שנוסד בשנות השלושים. לפי אותה עדות, המלחין היה מורה למוסיקה בביה"ס ובתקופת עבודתו בביה"ס (שנות השלושים והארבעים) הפך השיר להמנון בית הספר. גם בבית הספר בכפר הרא"ה בניהולו של מאיר בן ישר שימש השיר כהמנון בית הספר, לפי עדותו של יוסי בן לביא (אוקטובר 2021).

גרסה שונה במקצת של הבית הראשון משמשת המנון של תנועת "עזרא" (תנועת הנוער התורני לאומי בארץ ישראל).